$ ../poledit.exe

     ######################################################################
   ##########################################################################
  ###                                                                      ###
 ###            TINKER  ---  Software Tools for Molecular Design            ###
 ##                                                                          ##
 ##                        Version 8.4  February 2018                        ##
 ##                                                                          ##
 ##               Copyright (c)  Jay William Ponder  1990-2018               ##
 ###                           All Rights Reserved                          ###
  ###                                                                      ###
  ### Special version for Windows (x86)                                    ###
  ### compiled by Alan Liska & Veronika Ruzickova                          ###
  ### on March 21, 2019                                                    ###
  ###                                                                      ###
   ##########################################################################
     ######################################################################


 The Tinker Multipole Editing Utility Can :

    (1) Multipole Parameters from GDMA Output
    (2) Alter Local Coordinate Frame Definitions
    (3) Removal of Intramolecular Polarization

 Enter the Number of the Desired Choice :  1

 Enter GDMA Output File Name :  a.xyz

 Global Frame Cartesian Multipole Moments :

 Local Frame Definition for Multipole Sites :

     Atom     Name      Axis Type     Z Axis  X Axis  Y Axis


 Enter Altered Local Frame Definition [<CR>=Exit] :

 Local Frame Cartesian Multipole Moments :

 Atomic Polarizabilities for Multipole Sites :

     Atom     Name       Polarize          Thole


 Enter Atom Number & Polarizability Values [<CR>=Exit] :

 The default is to place all Atoms into one Polarization Group;
 This can be altered by entering a series of Bonded Atom Pairs
 that separate the Molecule into distinct Polarization Groups

 Enter a Bond between Polarization Groups [<CR>=Exit] :

 Polarization Groups for Multipole Sites :

     Atom     Name       Polarization Group Definition


 Determination of Intergroup Induced Dipoles :

    Iter        RMS Change (Debyes)

       1                    NaN
       2                    NaN
       3                    NaN
       4                    NaN
       5                    NaN
       6                    NaN
       7                    NaN
       8                    NaN
       9                    NaN
      10                    NaN
      11                    NaN
      12                    NaN
      13                    NaN
      14                    NaN
      15                    NaN
      16                    NaN
      17                    NaN
      18                    NaN
      19                    NaN
      20                    NaN
      21                    NaN
      22                    NaN
      23                    NaN
      24                    NaN
      25                    NaN
      26                    NaN
      27                    NaN
      28                    NaN
      29                    NaN
      30                    NaN
      31                    NaN
      32                    NaN
      33                    NaN
      34                    NaN
      35                    NaN
      36                    NaN
      37                    NaN
      38                    NaN
      39                    NaN
      40                    NaN
      41                    NaN
      42                    NaN
      43                    NaN
      44                    NaN
      45                    NaN
      46                    NaN
      47                    NaN
      48                    NaN
      49                    NaN
      50                    NaN
      51                    NaN
      52                    NaN
      53                    NaN
      54                    NaN
      55                    NaN
      56                    NaN
      57                    NaN
      58                    NaN
      59                    NaN
      60                    NaN
      61                    NaN
      62                    NaN
      63                    NaN
      64                    NaN
      65                    NaN
      66                    NaN
      67                    NaN
      68                    NaN
      69                    NaN
      70                    NaN
      71                    NaN
      72                    NaN
      73                    NaN
      74                    NaN
      75                    NaN
      76                    NaN
      77                    NaN
      78                    NaN
      79                    NaN
      80                    NaN
      81                    NaN
      82                    NaN
      83                    NaN
      84                    NaN
      85                    NaN
      86                    NaN
      87                    NaN
      88                    NaN
      89                    NaN
      90                    NaN
      91                    NaN
      92                    NaN
      93                    NaN
      94                    NaN
      95                    NaN
      96                    NaN
      97                    NaN
      98                    NaN
      99                    NaN
     100                    NaN
     101                    NaN
     102                    NaN
     103                    NaN
     104                    NaN
     105                    NaN
     106                    NaN
     107                    NaN
     108                    NaN
     109                    NaN
     110                    NaN
     111                    NaN
     112                    NaN
     113                    NaN
     114                    NaN
     115                    NaN
     116                    NaN
     117                    NaN
     118                    NaN
     119                    NaN
     120                    NaN
     121                    NaN
     122                    NaN
     123                    NaN
     124                    NaN
     125                    NaN
     126                    NaN
     127                    NaN
     128                    NaN
     129                    NaN
     130                    NaN
     131                    NaN
     132                    NaN
     133                    NaN
     134                    NaN
     135                    NaN
     136                    NaN
     137                    NaN
     138                    NaN
     139                    NaN
     140                    NaN
     141                    NaN
     142                    NaN
     143                    NaN
     144                    NaN
     145                    NaN
     146                    NaN
     147                    NaN
     148                    NaN
     149                    NaN
     150                    NaN
     151                    NaN
     152                    NaN
     153                    NaN
     154                    NaN
     155                    NaN
     156                    NaN
     157                    NaN
     158                    NaN
     159                    NaN
     160                    NaN
     161                    NaN
     162                    NaN
     163                    NaN
     164                    NaN
     165                    NaN
     166                    NaN
     167                    NaN
     168                    NaN
     169                    NaN
     170                    NaN
     171                    NaN
     172                    NaN
     173                    NaN
     174                    NaN
     175                    NaN
     176                    NaN
     177                    NaN
     178                    NaN
     179                    NaN
     180                    NaN
     181                    NaN
     182                    NaN
     183                    NaN
     184                    NaN
     185                    NaN
     186                    NaN
     187                    NaN
     188                    NaN
     189                    NaN
     190                    NaN
     191                    NaN
     192                    NaN
     193                    NaN
     194                    NaN
     195                    NaN
     196                    NaN
     197                    NaN
     198                    NaN
     199                    NaN
     200                    NaN
     201                    NaN
     202                    NaN
     203                    NaN
     204                    NaN
     205                    NaN
     206                    NaN
     207                    NaN
     208                    NaN
     209                    NaN
     210                    NaN
     211                    NaN
     212                    NaN
     213                    NaN
     214                    NaN
     215                    NaN
     216                    NaN
     217                    NaN
     218                    NaN
     219                    NaN
     220                    NaN
     221                    NaN
     222                    NaN
     223                    NaN
     224                    NaN
     225                    NaN
     226                    NaN
     227                    NaN
     228                    NaN
     229                    NaN
     230                    NaN
     231                    NaN
     232                    NaN
     233                    NaN
     234                    NaN
     235                    NaN
     236                    NaN
     237                    NaN
     238                    NaN
     239                    NaN
     240                    NaN
     241                    NaN
     242                    NaN
     243                    NaN
     244                    NaN
     245                    NaN
     246                    NaN
     247                    NaN
     248                    NaN
     249                    NaN
     250                    NaN
     251                    NaN
     252                    NaN
     253                    NaN
     254                    NaN
     255                    NaN
     256                    NaN
     257                    NaN
     258                    NaN
     259                    NaN
     260                    NaN
     261                    NaN
     262                    NaN
     263                    NaN
     264                    NaN
     265                    NaN
     266                    NaN
     267                    NaN
     268                    NaN
     269                    NaN
     270                    NaN
     271                    NaN
     272                    NaN
     273                    NaN
     274                    NaN
     275                    NaN
     276                    NaN
     277                    NaN
     278                    NaN
     279                    NaN
     280                    NaN
     281                    NaN
     282                    NaN
     283                    NaN
     284                    NaN
     285                    NaN
     286                    NaN
     287                    NaN
     288                    NaN
     289                    NaN
     290                    NaN
     291                    NaN
     292                    NaN
     293                    NaN
     294                    NaN
     295                    NaN
     296                    NaN
     297                    NaN
     298                    NaN
     299                    NaN
     300                    NaN
     301                    NaN
     302                    NaN
     303                    NaN
     304                    NaN
     305                    NaN
     306                    NaN
     307                    NaN
     308                    NaN
     309                    NaN
     310                    NaN
     311                    NaN
     312                    NaN
     313                    NaN
     314                    NaN
     315                    NaN
     316                    NaN
     317                    NaN
     318                    NaN
     319                    NaN
     320                    NaN
     321                    NaN
     322                    NaN
     323                    NaN
     324                    NaN
     325                    NaN
     326                    NaN
     327                    NaN
     328                    NaN
     329                    NaN
     330                    NaN
     331                    NaN
     332                    NaN
     333                    NaN
     334                    NaN
     335                    NaN
     336                    NaN
     337                    NaN
     338                    NaN
     339                    NaN
     340                    NaN
     341                    NaN
     342                    NaN
     343                    NaN
     344                    NaN
     345                    NaN
     346                    NaN
     347                    NaN
     348                    NaN
     349                    NaN
     350                    NaN
     351                    NaN
     352                    NaN
     353                    NaN
     354                    NaN
     355                    NaN
     356                    NaN
     357                    NaN
     358                    NaN
     359                    NaN
     360                    NaN
     361                    NaN
     362                    NaN
     363                    NaN
     364                    NaN
     365                    NaN
     366                    NaN
     367                    NaN
     368                    NaN
     369                    NaN
     370                    NaN
     371                    NaN
     372                    NaN
     373                    NaN
     374                    NaN
     375                    NaN
     376                    NaN
     377                    NaN
     378                    NaN
     379                    NaN
     380                    NaN
     381                    NaN
     382                    NaN
     383                    NaN
     384                    NaN
     385                    NaN
     386                    NaN
     387                    NaN
     388                    NaN
     389                    NaN
     390                    NaN
     391                    NaN
     392                    NaN
     393                    NaN
     394                    NaN
     395                    NaN
     396                    NaN
     397                    NaN
     398                    NaN
     399                    NaN
     400                    NaN
     401                    NaN
     402                    NaN
     403                    NaN
     404                    NaN
     405                    NaN
     406                    NaN
     407                    NaN
     408                    NaN
     409                    NaN
     410                    NaN
     411                    NaN
     412                    NaN
     413                    NaN
     414                    NaN
     415                    NaN
     416                    NaN
     417                    NaN
     418                    NaN
     419                    NaN
     420                    NaN
     421                    NaN
     422                    NaN
     423                    NaN
     424                    NaN
     425                    NaN
     426                    NaN
     427                    NaN
     428                    NaN
     429                    NaN
     430                    NaN
     431                    NaN
     432                    NaN
     433                    NaN
     434                    NaN
     435                    NaN
     436                    NaN
     437                    NaN
     438                    NaN
     439                    NaN
     440                    NaN
     441                    NaN
     442                    NaN
     443                    NaN
     444                    NaN
     445                    NaN
     446                    NaN
     447                    NaN
     448                    NaN
     449                    NaN
     450                    NaN
     451                    NaN
     452                    NaN
     453                    NaN
     454                    NaN
     455                    NaN
     456                    NaN
     457                    NaN
     458                    NaN
     459                    NaN
     460                    NaN
     461                    NaN
     462                    NaN
     463                    NaN
     464                    NaN
     465                    NaN
     466                    NaN
     467                    NaN
     468                    NaN
     469                    NaN
     470                    NaN
     471                    NaN
     472                    NaN
     473                    NaN
     474                    NaN
     475                    NaN
     476                    NaN
     477                    NaN
     478                    NaN
     479                    NaN
     480                    NaN
     481                    NaN
     482                    NaN
     483                    NaN
     484                    NaN
     485                    NaN
     486                    NaN
     487                    NaN
     488                    NaN
     489                    NaN
     490                    NaN
     491                    NaN
     492                    NaN
     493                    NaN
     494                    NaN
     495                    NaN
     496                    NaN
     497                    NaN
     498                    NaN
     499                    NaN
     500                    NaN

 Intergroup Induced Dipoles to be Removed (Debyes) :

    Atom              X           Y           Z         Total


 Multipoles after Removal of Intergroup Polarization :

 Average the Multipole Moments of Equivalent Atoms [N] :  N

 Remove Multipole Components Zeroed by Symmetry [N] :  N

 Final Multipole Moments for the AMOEBA Force Field :

HP@LAPTOP-CLDEEOLQ /home/tinker/bin/test
$ ../poledit.exe

     ######################################################################
   ##########################################################################
  ###                                                                      ###
 ###            TINKER  ---  Software Tools for Molecular Design            ###
 ##                                                                          ##
 ##                        Version 8.4  February 2018                        ##
 ##                                                                          ##
 ##               Copyright (c)  Jay William Ponder  1990-2018               ##
 ###                           All Rights Reserved                          ###
  ###                                                                      ###
  ### Special version for Windows (x86)                                    ###
  ### compiled by Alan Liska & Veronika Ruzickova                          ###
  ### on March 21, 2019                                                    ###
  ###                                                                      ###
   ##########################################################################
     ######################################################################


 The Tinker Multipole Editing Utility Can :

    (1) Multipole Parameters from GDMA Output
    (2) Alter Local Coordinate Frame Definitions
    (3) Removal of Intramolecular Polarization

 Enter the Number of the Desired Choice :  2

 Enter Cartesian Coordinate File Name :  a.xyz

 Local Frame Definition for Multipole Sites :

     Atom     Name      Axis Type     Z Axis  X Axis  Y Axis

       1      N         3-Fold           2       3       4
       2      H         Z-Bisect         1       3       4
       3      H         Z-Bisect         1       2       4
       4      H         Z-Bisect         1       2       3
       5      N         3-Fold           6       7       8
       6      H         Z-Bisect         5       7       8
       7      H         Z-Bisect         5       6       8
       8      H         Z-Bisect         5       6       7

 Enter Altered Local Frame Definition [<CR>=Exit] :

 Multipoles With Altered Local Frame Definition :

 Atom:       1         Name:   N         Atomic Number:       7

 Local Frame:            3-Fold               2       3       4

 Charge:                 -0.22011
 Dipole:                  0.00000        0.00000        0.29395
 Quadrupole:              0.35844
                          0.00000        0.35844
                          0.00000        0.00000       -0.71688

 Atom:       2         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       3       4

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01503        0.00000       -0.16505
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       3         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       2       4

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01503        0.00000       -0.16505
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       4         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       2       3

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01503        0.00000       -0.16505
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       5         Name:   N         Atomic Number:       7

 Local Frame:            3-Fold               6       7       8

 Charge:                 -0.22011
 Dipole:                  0.00000        0.00000        0.29395
 Quadrupole:              0.35844
                          0.00000        0.35844
                          0.00000        0.00000       -0.71688

 Atom:       6         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       7       8

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01503        0.00000       -0.16505
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       7         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       6       8

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01503        0.00000       -0.16505
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       8         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       6       7

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01503        0.00000       -0.16505
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

HP@LAPTOP-CLDEEOLQ /home/tinker/bin/test
$ ../poledit.exe

     ######################################################################
   ##########################################################################
  ###                                                                      ###
 ###            TINKER  ---  Software Tools for Molecular Design            ###
 ##                                                                          ##
 ##                        Version 8.4  February 2018                        ##
 ##                                                                          ##
 ##               Copyright (c)  Jay William Ponder  1990-2018               ##
 ###                           All Rights Reserved                          ###
  ###                                                                      ###
  ### Special version for Windows (x86)                                    ###
  ### compiled by Alan Liska & Veronika Ruzickova                          ###
  ### on March 21, 2019                                                    ###
  ###                                                                      ###
   ##########################################################################
     ######################################################################


 The Tinker Multipole Editing Utility Can :

    (1) Multipole Parameters from GDMA Output
    (2) Alter Local Coordinate Frame Definitions
    (3) Removal of Intramolecular Polarization

 Enter the Number of the Desired Choice :  3

 Enter Cartesian Coordinate File Name :  a.xyz

 Additional Atomic Multipoles for Specific Atoms :

      Atom         Coordinate Frame Definition        Multipole Moments

         1          2      3      4   3-Fold     -0.22011
                                                  0.00000  0.00000  0.29395
                                                  0.35844
                                                  0.00000  0.35844
                                                  0.00000  0.00000 -0.71688

         2          1      3      4   Z-Bisect    0.07337
                                                 -0.01503  0.00000 -0.16505
                                                 -0.05100
                                                  0.00000  0.04892
                                                  0.02991  0.00000  0.00208

         3          1      2      4   Z-Bisect    0.07337
                                                 -0.01503  0.00000 -0.16505
                                                 -0.05100
                                                  0.00000  0.04892
                                                  0.02991  0.00000  0.00208

         4          1      2      3   Z-Bisect    0.07337
                                                 -0.01503  0.00000 -0.16505
                                                 -0.05100
                                                  0.00000  0.04892
                                                  0.02991  0.00000  0.00208

         5          6      7      8   3-Fold     -0.22011
                                                  0.00000  0.00000  0.29395
                                                  0.35844
                                                  0.00000  0.35844
                                                  0.00000  0.00000 -0.71688

         6          5      7      8   Z-Bisect    0.07337
                                                 -0.01503  0.00000 -0.16505
                                                 -0.05100
                                                  0.00000  0.04892
                                                  0.02991  0.00000  0.00208

         7          5      6      8   Z-Bisect    0.07337
                                                 -0.01503  0.00000 -0.16505
                                                 -0.05100
                                                  0.00000  0.04892
                                                  0.02991  0.00000  0.00208

         8          5      6      7   Z-Bisect    0.07337
                                                 -0.01503  0.00000 -0.16505
                                                 -0.05100
                                                  0.00000  0.04892
                                                  0.02991  0.00000  0.00208

 Determination of Intergroup Induced Dipoles :

    Iter        RMS Change (Debyes)

       1           0.0097543914
       2           0.0037256015
       3           0.0007713731
       4           0.0001459544
       5           0.0000158087
       6           0.0000029738
       7           0.0000000873

 Intergroup Induced Dipoles to be Removed (Debyes) :

    Atom              X           Y           Z         Total

       1           0.1035     -0.0000      0.0263      0.1068
       2           0.0025      0.0081     -0.0005      0.0085
       3           0.0025     -0.0081     -0.0005      0.0085
       4          -0.0077     -0.0000      0.0258      0.0270
       5           0.0883      0.0000     -0.0280      0.0926
       6           0.0358      0.0347      0.0185      0.0531
       7           0.2051      0.0000     -0.0105      0.2053
       8           0.0358     -0.0347      0.0185      0.0531

 Multipoles after Removal of Intergroup Polarization :

 Atom:       1         Name:   N         Atomic Number:       7

 Local Frame:            3-Fold               2       3       4

 Charge:                 -0.22011
 Dipole:                  0.00075        0.00130        0.25195
 Quadrupole:              0.35844
                          0.00000        0.35844
                         -0.00000        0.00000       -0.71688

 Atom:       2         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       3       4

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01475       -0.00127       -0.16197
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991       -0.00000        0.00208

 Atom:       3         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       2       4

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01475        0.00126       -0.16197
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       4         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       2       3

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01033        0.00000       -0.15554
 Quadrupole:             -0.05100
                         -0.00000        0.04892
                          0.02991       -0.00000        0.00208

 Atom:       5         Name:   N         Atomic Number:       7

 Local Frame:            3-Fold               6       7       8

 Charge:                 -0.22011
 Dipole:                 -0.03087        0.00000        0.27461
 Quadrupole:              0.35844
                         -0.00000        0.35844
                          0.00000       -0.00000       -0.71688

 Atom:       6         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       7       8

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01913        0.00657       -0.18447
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991       -0.00000        0.00208

 Atom:       7         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       6       8

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.00773        0.00000       -0.08459
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       8         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       6       7

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01913       -0.00657       -0.18447
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Average the Multipole Moments of Equivalent Atoms [N] :  N

 Remove Multipole Components Zeroed by Symmetry [N] :  N

 Final Multipole Moments for the AMOEBA Force Field :

 Atom:       1         Name:   N         Atomic Number:       7

 Local Frame:            3-Fold               2       3       4

 Charge:                 -0.22011
 Dipole:                  0.00075        0.00130        0.25195
 Quadrupole:              0.35844
                          0.00000        0.35844
                          0.00000        0.00000       -0.71688

 Atom:       2         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       3       4

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01475       -0.00127       -0.16197
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       3         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       2       4

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01475        0.00126       -0.16197
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       4         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             1       2       3

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01033        0.00000       -0.15554
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       5         Name:   N         Atomic Number:       7

 Local Frame:            3-Fold               6       7       8

 Charge:                 -0.22011
 Dipole:                 -0.03087        0.00000        0.27461
 Quadrupole:              0.35844
                          0.00000        0.35844
                          0.00000        0.00000       -0.71688

 Atom:       6         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       7       8

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01913        0.00657       -0.18447
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       7         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       6       8

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.00773        0.00000       -0.08459
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208

 Atom:       8         Name:   H         Atomic Number:       1

 Local Frame:            Z-Bisect             5       6       7

 Charge:                  0.07337
 Dipole:                 -0.01913       -0.00657       -0.18447
 Quadrupole:             -0.05100
                          0.00000        0.04892
                          0.02991        0.00000        0.00208